VASP的POSCAR格式转换lammps格式脚本

近期处理POSCAR转换lammps的data文件的时候，需要ovito协助处理，但是命令行的大量处理好像还是成问题的（特别是我几百个POSCAR需要转换的时候，一个个手拖就不现实了）

之前写过一些自动转换格式的脚本，但是只是针对于某一个特定的结构进行的，多一个原子少一个原子，原子换一下就用不了的。而我每次处理的POSCAR文件的原子种类和个数都在发生变化。于是一怒之下就写了这个通用的脚本，可以直接将含有前111号原子的POSCAR文件自动转换成lammps可读取的data文件格式。*支持分数坐标和绝对坐标的读取。下载链接：GitHub - whitecrn/poscar2data: This scrip can help you transform POSCAR file to lammps data file

 本脚本使用gfortran编写，使用的是gnu编译器。脚本所需要的依赖如下图所示。

 文件的源代码我没有放上来，直接上传的是编译好的文件。因为源代码里面有很多我自己写的库文件，最终合成打包起来比较麻烦，有需要的话可以联系我问我拿。源代码各文件如下图。。。。。。

POSCAR需要比较固定的开头格式，中间不能有空行（如果格式不是固定的，ovito也读取不了。。。。）。格式图下图所示。

第一行是体系的名称，第二行是缩放因子，第三行到第五行是晶格参数，第六行是原子种类信息，第七行是原子对应的原子数，第八行是区分绝对坐标和分数坐标，第九行以后开始写的是原子位置信息。目前只能做到基于此类的转换，如果含有电荷信息可能无法使用。原子的种类限制在前111号元素，原子的个数和种类个数都不会受到限制。

使用脚本很简单，下载以后（Linux系统上需要装有gnu编译器）。将脚本放在与需要处理的POSCAR文件同一目录之下，使用命令：chmod +x poscar2data,为脚本增加可执行权限。

然后如果需要转换的POSCAR格式文件名称就是POSCAR，那使用命令：**./poscar2data**，将会自动转换POSCAR文件，输出成一个新的data文件：lammps.data，即可完成。

 如果你的需要转换的文件不叫POSCAR，需要输出的文件想换一个名称，可以使用命令：**./poscar2data (输入文件名称) (输出文件名称)** ，例如: ./poscar2data POSCAR1 FeCoNi.data，那么脚本就会读入POSCAR1文件，输出lampps格式的FeCoNi.data文件。

！！！注意，如果你要输入可选参数的时候，第一个必须为输入文件的名称，第二个必须为输出文件的名称，如果只输入一个文件名称，则默认这个名称为输入文件的名称。

转载请注明出处：GitHub whitecrn